De vzw is opgericht op 28 april 1988 onder de benaming "Museum rond Fruit en Fruitverwerking vzw. Ze verscheen onder deze naam in het staatsblad op 08 juli 1988.
De initiatiefnemers zijn de Stad Borgloon, Streekontwikkeling Zuid-Limburg en Samenlevingsopbouw aangevuld met een aantal vrijwilligers uit verscheidene verenigingen, organisaties, wetenschappelijke instellingen en veilingen. In 1994 werden de statuten aangepast in functie van de toetreding van de Zuid-Limburgse gemeenten. Elke gemeente kreeg een mandaat in de Raad van Bestuur. Nadien werd de vzw ondersteund door 11 Zuid - Limburgse gemeenten met de bedoeling door samenwerking te komen tot de realisatie van een fruitstreekmuseum (eco-museum). Om de betrokkenheid van de ganse regio te accentueren werd de benaming aangepast naar vzw Fruitstreekmusem.